我国非加盟便利店在实际操作中往往忽略了便利店与超市、零售店的区别，没有完全体现出连锁便利店的特点，使得便利店成了可有可无的鸡肋，或者沦为超市的一个补充性存在。同时，便利店在选址中不注意科学，造成很多便利店扎堆严重，网点过密，经营的品种毫无差别，也制约着非加盟便利店的进一步发展。

1.经营地点太过于单一

以目前来看，大部分便利店的经营地点都集中在居民小区附近，网点太过于密集。过于密集的下场就是几家相近的便利店要在同一时间内面对同一生活区域内的消费者，也就是交叉的目标人群，这在一定程度上增强了竞争难度并且显而易见得影响了便利店的经营效益。

2.物流系统十分薄弱，缺少现代化管理

当代便利店的管理大部分仍然停留在粗放简单的管理层次上，甚至有些还处于纸笔记录的经营方式。当然不可否认的是，有些便利店已经引进了较为先进的电脑等现代化办公设备，但是并没有形成系统的办公网络，在便利店的实际营业中作用微乎其微。而国际先进的信息收集，库房整理和数据交换软件，如EDI系统，POS系统等在非加盟便利店更是罕见。

3.缺乏自创品牌意识

便利店不应该仅仅满足于销售供应商的产品，在发达国家， 如英国，主要超市和连锁便利店的自有品牌产品达到了总产品量的30%，最高的甚至达到了54%。美国也毫不逊色，在美国的超市里，40%以上的商品都为超市自有品牌。在我国，这方面还是一片空白。

4.连锁化程度较低

连锁便利店目前在国内发展得十分迅速，不过与国外先进企业存在相当大的差距。各地区的连锁便利店各自为营，没有全国化， 规模化和集团化的连锁便利店龙头企业。

5.商品缺少特色

便利店的销售形式应该是以小巧、方便、实用为特色的， 它在商品的选择上应该集中体现“急需、必需、速食”的特征，这是便利店区别于超市等其他零售模式的最大特点。而现在许多非加盟便利店经常忽视这一点，选择的商品类型和大卖场、超市等大同小异，不能有效得体现出便利店区别于其他零售业态的特征。